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La ciudad de Tombuctú, pese a su historia, se enfrenta a diversos problemas de carácter natural y económico. En primer lugar, la ubicaciòn de la ciudad, es muy próxima al desierto, lo cual la convierte en objeto de fuertes tormentas de arena. Debido, también, a su proximidad al río Níger, Tombuctú sufre las crecidas del río que dejan a la ciudad completamente aislada, aunque por estos dias la construcicon de un puente de hierro nos otorga accesibilidad completa, el puente cruza el rio Nìger en la altura de Markalà.
Por otro lado, el turismo siempre ha sido uno de los baluartes más importantes de la mítica ciudad. Sin embargo, hay pocos restos que reflejen la rica historia de Tombuctú, siendo la mezquita de Yinguereber una de las pocas atracciones históricas que permanecen en pie. Las guías turísticas apenas hacen hincapié en Tombuctú y eso se refleja en una pérdida considerable de turistas. Un anciano local de Tombuctú recuerda que «antes todo el mundo quería venir a Tombuctú, pero ahora ya no viene nadie. Sólo cuatro turistas. Y los pocos que vienen se largan enseguida. Buscan palacios, monumentos y murallas, y cuando no los ven creen que no hay nada que valga la pena. Gracias a esto la economia se vio forzada a combertir a Tombuctù en un centro mercantil, en el cual se comercializan solos productos bàsicos como la sal.